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O Zoo Tycoon 2 contém vários modos de jogo, cada um com restrições diferentes, exceto o modo livre. A jogabilidade de forma livre do Zoo Tycoon 2 permite que o jogador escolha que tipo de zoológico criar. As únicas limitações são espaço, animais e objetos. O dinheiro do jogador é ilimitado e todos os itens estão disponíveis desde o início do jogo, exceto aqueles que só podem ser desbloqueados nos jogos Cenário e Desafio. Os jogos de forma livre começam com um zoológico vazio, ao qual o jogador adiciona exibições de animais e espaços para hóspedes, como restaurantes e banheiros. O jogador também deve contratar trabalhadores para a equipe e manter as instalações. O jogador escolhe um lote para construir um zoológico no início de um novo jogo de forma livre, e cada lote representa um bioma diferente (os biomas são alpino, várzea, floresta boreal, costeiro, deserto, pastagem, floresta pelágica), recife, savana, matagal, floresta temperada, floresta tropical, tundra e pântanos). Cada lote também tem um tamanho diferente (grande, pequeno ou médio)
